Nunja, das ist ne traurige Geschichte. Aber hier zeigt sich doch wieder wie das Mangement nicht in der Lage ist seinen Mitarbeitern ein ordentliches Arbeitsumfeld zu schaffen. Wenn es deine Aufgabe ist, die Daten aufzubereiten, dann braucht das eben die Zeit, die es braucht. Wenn sich Jemand dran stört, dann muß die Ursache(schlechter Datenexport) bekämpft werden und nicht irgend ein Workaround mit VBA zusammengepfuscht werden.

Der Umzug auf einen anderen Server kann jetzt nicht wirklich ein Grund sein die Daten nicht so zu bekommen wie man es benötigt. Da müssen eben Möglichkeiten geschaffen werden. 

Wenn du das trotzdem automatisieren willst, dann überleg dir wie du die guten von den schlechten Daten trennen kannst.  z.b über einen Zeitabstand von ner Minute wo mehrfache Scans am selben Terminal mit der selben CartenId dann wegfallen. Wenn du die Bedingungen fertig hast ,kann man das auch so umsetzen das mit Powerquery oder VBA oder sonst was die Daten aufbereitet werden können.